Houston es la primera ciudad de EE. UU. En encontrar TODAS las variantes de ‘supercovid’

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Houston, Texas, es la primera ciudad de los EE. UU. En identificar todas las principales variantes del coronavirus que se propagan en los EE. UU., Según una preimpresión que se publicará próximamente.

Mientras tanto, los científicos de Florida identificaron el primer caso de la variante sudafricana en el estado durante el fin de semana, lo que significa que tiene las tres variantes importadas.

Florida ya tenía más casos de la variante B117 del Reino Unido que cualquier otro estado. Su número de infecciones de ‘supercovid’ en el Reino Unido era de 599 a partir del lunes, además de su primer caso de la variante B1351 de Sudáfrica y cinco casos de la variante P1 brasileña.

Los científicos de Houston Methodist encontraron 28 casos de variantes, incluidas las positivas para variantes del Reino Unido, Sudáfrica, Brasil, Nueva York y California, en el último lote de muestras para el que realizó la secuenciación del genoma.

Solo su laboratorio ha identificado más de 200 casos de estas variantes en total, dijo a DailyMail.com el coautor del estudio, el Dr. James Musser, presidente del departamento de patología y medicina genómica.

El Dr. Musser está preocupado por la presencia de variantes y es sereno sobre lo que significan.

Houston, Texas, es la primera ciudad de los EE. UU. En identificar todas las principales variantes del coronavirus que se propagan en los EE. UU., Según una preimpresión que se publicará próximamente.  EE.UU. ha informado de 2.463 casos confirmados de 'supercovid' en EE.UU., pero Florida tiene casi 600

Houston, Texas, es la primera ciudad de los EE. UU. En identificar todas las principales variantes del coronavirus que se propagan en los EE. UU., Según una preimpresión que se publicará próximamente. EE. UU. Ha informado de 2.463 casos confirmados de ‘supercovid’ en EE. UU., Pero Florida tiene casi 600 de esos

Señala que Houston Methodist está secuenciando el virus hasta 1.700 por semana y ya ha secuenciado más de 20.000 genomas en total.

Ese es un volumen muy alto para un laboratorio de ese tamaño, considerando que los EE. UU. En su conjunto han enviado menos de 140,000 secuencias del genoma viral a la base de datos internacional GISAID desde el comienzo de la pandemia.

Entonces, el Dr. Musser sospecha que la colección de mutantes identificados en Houston puede ser tanto un reflejo del volumen de pruebas, como cualquier cosa fuera de lo común, para la pandemia de COVID-19, que ocurre en la ciudad de 2,3 millones de personas.

Houston Methodist ha identificado lo siguiente en la ciudad, dice el Dr. Musser:

  • Variante británica B117: 23
  • Variante sudafricana B1351: 2
  • Variante brasileña P1: 4
  • Variante brasileña P2: 39
  • Variante de California B1329: 143
  • Variante de California 1427: 19
  • Variante de Nueva York B1526: 5

Pero con una evidencia considerable de que algunas de estas variantes se propagan más fácilmente que las formas anteriores de coronavirus, y que algunas pueden evadir las vacunas, también ve la necesidad no solo de secuenciar genomas, sino de seguir a las personas que están infectadas con ellos, como algo terrible.

Y Estados Unidos necesita completar este proceso mucho más rápido, dice.

“Nosotros en Estados Unidos tenemos que llegar a un punto en el que estemos haciendo un trabajo mucho mejor de lo que lo estamos haciendo ahora”, dijo el Dr. Musser.

‘Necesitamos hacer [genome sequencing and follow-up] lo más cerca posible del tiempo real ‘.

Dijo que una importante empresa de diagnóstico de EE. UU. Le dijo que el tiempo de respuesta entre la extracción de una muestra de un paciente y la secuenciación del genoma de esa muestra es de aproximadamente dos semanas.

“Tenemos que condensar eso porque, en mi opinión, uno quiere poder hacer las cosas lo más rápido posible si quiere tener la oportunidad de jugar a lo que yo llamo whack-a-mutant”, dijo el Dr. Musser.

“Tener la secuencia del genoma por sí sola puede ser importante, pero lo crucial será emparejar esa secuencia del genoma con la información del paciente. Solo de esa manera podremos establecer una relación entre el genotipo y el fenotipo de las variantes ‘.

El genotipo es el perfil genético de un virus (o animal, planta o persona) y el fenotipo es la manifestación física de esos genes.

Entonces, en el caso de las variantes del coronavirus, el Dr. Musser dice que la información más crítica provendrá de descubrir cómo la infección con una variante afecta la forma en que una persona se enferma, el riesgo de muerte por la infección que tiene y la probabilidad de que lo haga. propagar el virus, en comparación con los infectados con formas anteriores.

Estados Unidos finalmente ha intensificado sus esfuerzos para detectar variantes de coronavirus, secuenciando alrededor de 7,000 muestras la semana pasada, en comparación con menos de 1,000 la última semana de diciembre de 2020, según los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC).

Pero todavía está muy por detrás de países como el Reino Unido, que está secuenciando alrededor de 20.000 muestras a la semana.

Y más allá de la secuenciación lenta, la capacidad de EE. UU. Para rastrear la propagación y los efectos de las variantes se ha visto obstaculizada por la burocracia.

Los laboratorios, incluido el del Dr. Musser, no pueden informar a los pacientes si están infectados con una variante.

Eso se debe a dos factores burocráticos. Por un lado, la secuenciación genómica viral no está aprobada como herramienta de diagnóstico por la FDA, por lo que cualquier información que surja de la secuenciación está prohibida para ser utilizada como información clínica.

En cambio, la secuenciación del genoma realizada por la mayoría de los laboratorios, especialmente los afiliados a universidades avanzadas como el de Houston Methodist, se realiza como “investigación”.

Y los investigadores no pueden decirles a los participantes en sus “estudios” los resultados de estas pruebas.

En cambio, el Dr. Musser dice que su laboratorio debe transmitir la información a los departamentos de salud estatales, que luego pasan la información a los departamentos de salud estatales.

Por lo tanto, es posible que los departamentos de salud estatales no sepan más que en qué condado vive el paciente en cuestión.

Y si identifican quién dio positivo para la variante, pueden rastrear a esa persona y hacer el rastreo de contacto típico, pero los resultados de la secuenciación genómica que mostraron que fueron positivos para una variante aún están fuera de los límites, porque no se consideran diagnóstico.

Se le diría al paciente que tiene COVID-19, pero no que tenga una forma del virus potencialmente más infecciosa o que evade la vacuna.

Y el lapso de tiempo entre todos estos pasos es considerable.

Incluso los hallazgos del estudio del Dr. Musser, que ni siquiera se han publicado como preimpresión, tienen aproximadamente 10 días de antigüedad: ‘historia antigua’, en la época del coronavirus, dice.

La secuenciación sigue siendo demasiado irregular y demasiado lenta como para brindar a los científicos información útil para contar a los pacientes, incluso si pudieran notificarles que están infectados con una variante.

“ El jurado aún está deliberando ” sobre si la variante B117 del Reino Unido causa una enfermedad más grave, y casi todo lo relacionado con las variantes de California y Nueva York es misterioso en este momento, aunque la evidencia de que ambas variantes de Brasil (P1 y P2) y la uno que surgió en Sudáfrica tiene cierta resistencia a los anticuerpos tanto de infecciones previas como de vacunas.

Es tentador mirar a Houston, con su colección de mutantes, oa Florida, que tiene más casos variantes que cualquier otro estado del país, y ahora tiene los tres importados, como una bola de cristal en lo que el futuro puede deparar a medida que las variantes se conviertan. común en los EE. UU.

Pero el Dr. Musser advierte contra eso. En su opinión, cada lugar se parece más a un charco de marea que a una bola de cristal: hay elementos y dinámicas comunes, pero cada uno es un pequeño mundo en sí mismo.

“Es muy posible que haya historias diferentes en cada uno de esos lugares”, dice.

“Si uno pudiera elegir una ciudad en particular y saber todo sobre el resto del país, sería genial, pero no creo que sea cierto”.


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